Kochanowski był katolikiem, nie ma co do tego wątpliwości, łączyły go jednak pewne związki z protestantyzmem. Stu­diował na uniwersytecie w Królewcu, ośrodku myśli luterań­skiej. Jego protektorem był książe pruski Albrecht, który subsydiował mu studia. Protestanci próbowali pozyskać młodego poetę dla reformacji. Kochanowski pozostał katoli­kiem, pozo­stały w nim jednak pewne sympatie protestanc­kie. Ujawniają się one bar­dzo wyraźnie w łacińskich ele­giach. Jeden z jego pierwszych utworów, hymn: „Czego chcesz od nas panie?” został przysłany z Paryża na zebra­nie szlachty protestanckiej.

W twórczości Kochanowskiego wyraźnie brak rysów wy­znaniowych. W modlitwach zwraca się do Boga, nie ma jednak w jego utworach kultu maryjnego, kultu świętych. Dwa z największych utworów: „Oko śmier­telne Boga nie widziało” i „Czego chcesz od nas panie” to modlitwy uni­wersalne, mogą być wielowyznaniowe. Z wczesnej fazy twórczości Ko­chanowskiego pochodzi poemat Zuzanna podejmujący wątek biblijny. Jest to utwór mówiący o boskiej opatrzności, a także o wartości cnoty. Szczególnie obecny jest Bóg i integralna z nim natura w pieśniach. Co jest cha­rakterystyczne, utożsamiał Boga z naturą, i jest w tym bliski pante­izmowi. Widział Boga w pięknie stworzenia, postrze­gał go jako stwórcę-artystę, który obecny jest w swoim dziele. Czasami Boże dzieło stworze­nia nazywa ” Boskim widowiskiem mistrzyni natury”. W ten sposób jego spojrze­nie staje się bardziej laickie, co nie znaczy ateistyczne. Laicyzm XVI wieczny nie oznacza ateistycznej postawy, można go określić jako sposób przeżywania stosunku człowieka do boga, poza granicami wyzna­czonymi przez kościół lub zbór. W pieśni 25 ksiąg wtórych (Czego chcesz…), Bóg nie mieści się w ramach ściśle określonej doktryny, ani katolickiej, ani protestanckiej, jest Bogiem poza kościołem, istnieje przede wszystkim w naturze, w dziele sprawczym, „Kościół cię nie ogar­nie, wszędy pełno ciebie.”. Bóg nie potrzebuje darów, gdyż sam jest dawcą dobrodziejstw. Znawcy literatury twierdzą, że na jego poj­mowanie Boga miały także wpływ poglądy starożytnych, wpływy Cycerona, „Me­chanizmem świata kieruje artysta stwórca, który zarazem istnieje w swych doskonałych dzie­łach i przejawia się przez ich byt”. Hymn jest pochwałą niewidzialnego Boga poprzez pochwałę widzialnego świata, jest całym poematem o sztuce, artyście i jego dziele. Arty­stą jest Bóg w znaczeniu Deus-faber (rzemieślnik). Rene­sans bardzo wysoko cenił rzemiosło arty­styczne i stawiał je wyżej niż sztuki artystyczne. Istniał wtedy pogląd, że należy naśladować to co istnieje, natomiast rzemieślnik tworzy z niczego. I właśnie w tym sensie traktuje Boga jako faber, stworzył coś z niczego, dzieło artystyczne. Świat stworzony przez Boga jest piękny a właśnie estetyka wyraża przeko­nanie, że piękno jest najwyższym dobrem i polega na ukła­dzie i proporcjach. Renesansowa estetyka rozróżnia poję­cia piękna i rzeczy pięknych. Przedmioty są rzeczami pięk­nymi, ale nie mogą być piękne, bo piękno jest doskonało­ścią substancyjną, polega na proporcji, harmonii, blasku, współmierności elementów. Pięknem jest cnota. Pieśń „Czego…” wyraża właśnie to przekonanie, że piękno świata, dzieło Boga polega nie na urodzie poszczególnych elementów, ile na harmonii z zgod­nym porządku części.

Poeta dostrzega także analogię między cyklem pór roku a losami czło­wieka, „Serce roście”, „Nie porzucaj nadzieje”. Życie ludzkie różni się od tej cykliczności jedynie tym, że ma swój kres, zaś kołowrót natury trwa nieprzerwanie. W życiu ludzkim po złych okresach następują dobre. Cza­sami utożsamia Kochanowski naturę z prostotą, pierwotnością i jakby ze świata pierwotnej natury wywodzi się łącząca ludzi miłość, oparta na zgodzie, wzajemnym zrozumieniu, kon­struktywnym działaniu. Przykła­dem są „Elegie”, także „Pie­śni”, np.: „Pieśń świętojańska o sobótce”, która jest poetyc­kim poglądem na naturę w życiu człowieka. Pokazuje jak można odnaleźć sens życia, utracony spokój w codziennym kontakcie z przyrodą. Najlepszym tego potwierdzeniem jest rezygnacja poety z ka­riery politycznej i powrót do Czarno­lasu.

W twórczości Kochanowskiego, a szczególnie w pieśniach, znajduje się omówienie zagadnienia boskiej opatrzności oraz bezpośredni stosunek Boga do człowieka. Poeta wy­raża przekonanie, że losy ludzi łączą się ze sobą według nieodgadłych praw, to też roszczenia człowieka by poznać „przyszłe rzeczy” wywołują tylko pobłażliwy uśmiech wszechmocnego Boga. Trzeba świadomie uznać granicę swoich możliwości i „nadzieję pokładać w Bogu”.

Pieśń IX,ks1:

„Prózno ma mieć na pieczy

śmiertelne wietrzne rzeczy”

Pieśń XIV,ks1

„Przypadków dalszych żaden z nas nie zgadnie

prózno myśleć o tym

Co z nami będzie potym

W godzinie Bóg wywróci wszystko.”

Pieśń IX,ks 2

„Siła Bóg może wywrócić w godzinie,

A kto mu kolwiek ufa nie zginie”

Obok zagadnienia ładu moralnego i boskiej opatrzności często pojawia się w utworach Kochanowskiego temat bo­żej sprawiedliwości. Podstawowa jej zasada została tu uwi­kłana została najwyraźniej przeczące jej obserwa­cje naszej rzeczywistości. Dręcząca zasada ludzkiej egzystencji jest jed­nym z podstawowych tematów twórczości Kochanow­skiego. Oto frag­ment wypowiedzi Heleny z „Odprawy po­słów greckich”: „Przebóg, wię­cej złego na tym świecie niż dobrego”, a w „Oko …” mówi poeta że często ci którzy „świat powolnym mają” dzieje się lepiej niż sprawiedliwym. W elegii „Do Firleja” Kochanowski zdaje się mówić, że po­nieważ Bóg jest, musi więc być sprawiedliwy, jednak wi­dzimy często, że cierpi cnotliwy a występny opływa w do­statki. Próbę rozstrzygnięcia tego dylematu doko­nuje na płaszczyźnie religijnej. Pogląd Kochanowskiego w tej kwe­stii doskonale wyraża powiedzenie „Bóg nierychliwy, ale sprawiedliwy”. Poeta mówi: „Panie jako bardzo błądzą, którzy cię niedbałym sądzą”. Wierzy że wypełnienie się zasad boskiej sprawiedliwości, wyrównanie krzywd nastąpi w zaświatach.

Dziełem w pełni religijnym jest: „Psalm Dawidowy”. Widać w nim chęć uwielbienia stwórcy jako doskonałego w swoich dziełach. Tłumaczy psalm z łaciny i robi to z pietyzmem człowieka wierzącego, rozkoszą artysty i sumiennością filologa. Kleiner mówi: „Kochanowski świetnie wczuł się w bogactwo liryki religijnej psalmów, a modlitwy które stwo­rzył na podstawie biblijnej, są jego, wyrażają potęgę i moc Boga”.

Niekiedy Bóg traktowany jest antropomorficznie, np. „z twoich rąk”. Na­zywa go: „Myśl, która niebem toczy”. Bóg pojawia się jako wieczna myśl śmiejąca się z ludzkich po­czynań: „Człowiek, boże igrzysko”, „Bo co tak mądrze człowiek począł sobie, żeby się Bóg nie musiał śmiać jego oso­bie”, stwórca pojawia się jako reżyser świata.

Kryzys wiary następuje po śmierci Urszulki. Jest to kres przeświadczenia o porządku rzeczy, pojawia się niezna­jomy wróg, który „miesza ludzkie rzeczy, nie mając ani dobrych, ani złych na pieczy”. Jest on odwróceniem przy­jaznej człowiekowi sprawiedliwości. Kontekst trenów wyja­śnia, że nieznajomy wróg to los, fatum, który w polszczyź­nie XVI wiecznej mógł oznaczać diabła. Ostatecznie jednak następuje w trenach ukorzenie się przed Bogiem i wyra­żone zostaje przekonanie, że skoro złudna okazała się nadzieja na pomoc rozumu, „jednakże Bóg sam mocen hamować”. Tren XVIII jest modlitewnym, utrzymanym w formie psalmu – apelu do Boga o litość. Kochanowski od­wołuje swoje wcześniejsze bluźnierstwa, „Wielkie są przed tobą występki moje, lecz miłosierdzie twoje przewyż­sza wszystkie złości, użyj dziś Panie nade mną litości”. Takie ukojenie przynosi mu wiara dziecinna, którą zaszczepiła w nim matka, i dlatego jej postać pojawia się w trenie XIX poeta dochodzi do wniosku, ze „jeden jest pan smutku i nagrody”.

Kochanowski był bardzo tolerancyjny w swej religijności, uważał że przekonania religijne są sprawą osobistą. Chry­stus pojawia się tylko raz we fraszkach. Bóg u Kochanow­skiego to stwórca-artysta, potem filozo­ficzna „Wielka Myśl”, staro testamentowe „Bóg i pan”, oraz wreszcie opatrzność bliska człowiekowi. Religijność Kochanowskiego ograni­czała się przede wszystkim do kontemplacji i refleksji wokół najogólniejszych prawd wiary. Poeta podkreślał dobrotli­wość stwórcy, dawał wskazówki, jak trzeba żyć cnotliwie.