Kochanowski był katolikiem, nie ma co do tego wątpliwości, łączyły go jednak pewne związki z protestantyzmem. Studiował na uniwer­sytecie w Królewcu, ośrodku myśli luterańskiej. Jego protektorem był książe pruski Albrecht, który subsydiował mu studia. Protestanci pró­bowali pozyskać młodego poetę dla reformacji. Kochanowski pozo­stał katolikiem, pozostały w nim jednak pewne sympatie protestanc­kie. Ujawniają się one bardzo wyraźnie w łacińskich elegiach. Jeden z jego pierwszych utworów, hymn: „Czego chcesz od nas panie?” został przysłany z Paryża na zebranie szlachty protestanckiej.
W twórczości Kochanowskiego wyraźnie brak rysów wyznaniowych. W modlitwach zwraca się do Boga, nie ma jednak w jego utworach kultu maryjnego, kultu świętych. Dwa z największych utworów: „Oko śmiertelne Boga nie widziało” i „Czego chcesz od nas panie” to mo­dlitwy uniwersalne, mogą być wielowyznaniowe. Z wczesnej fazy twórczości Kochanowskiego pochodzi poemat Zuzanna podejmujący wątek biblijny. Jest to utwór mówiący o boskiej opatrzności, a także o wartości cnoty. Szczególnie obecny jest Bóg i integralna z nim natura w pieśniach. Co jest charakterystyczne, utożsamiał Boga z naturą, i jest w tym bliski panteizmowi. Widział Boga w pięknie stworzenia, postrzegał go jako stwórcę-artystę, który obecny jest w swoim dziele. Czasami Boże dzieło stworzenia nazywa ” Boskim widowiskiem mi­strzyni natury”. W ten sposób jego spojrzenie staje się bardziej laic­kie, co nie znaczy ateistyczne. Laicyzm XVI wieczny nie oznacza ateistycznej postawy, można go określić jako sposób przeżywania stosunku człowieka do boga, poza granicami wyznaczonymi przez kościół lub zbór. W pieśni 25 ksiąg wtórych (Czego chcesz…), Bóg nie mieści się w ramach ściśle określonej doktryny, ani katolickiej, ani protestanckiej, jest Bogiem poza kościołem, istnieje przede wszystkim w naturze, w dziele sprawczym, „Kościół cię nie ogarnie, wszędy pełno ciebie.”. Bóg nie potrzebuje darów, gdyż sam jest dawcą dobrodziejstw. Znawcy literatury twierdzą, że na jego pojmo­wanie Boga miały także wpływ poglądy starożytnych, wpływy Cyce­rona, „Mechanizmem świata kieruje artysta stwórca, który zarazem istnieje w swych doskonałych dziełach i przejawia się przez ich byt”. Hymn jest pochwałą niewidzialnego Boga poprzez pochwałę widzial­nego świata, jest całym poematem o sztuce, artyście i jego dziele. Artystą jest Bóg w znaczeniu Deus-faber (rzemieślnik). Renesans bardzo wysoko cenił rzemiosło artystyczne i stawiał je wyżej niż sztuki artystyczne. Istniał wtedy pogląd, że należy naśladować to co istnieje, natomiast rzemieślnik tworzy z niczego. I właśnie w tym sensie traktuje Boga jako faber, stworzył coś z niczego, dzieło arty­styczne. Świat stworzony przez Boga jest piękny a właśnie estetyka wyraża przekonanie, że piękno jest najwyższym dobrem i polega na układzie i proporcjach. Renesansowa estetyka rozróżnia pojęcia piękna i rzeczy pięknych. Przedmioty są rzeczami pięknymi, ale nie mogą być piękne, bo piękno jest doskonałością substancyjną, polega na proporcji, harmonii, blasku, współmierności elementów. Pięknem jest cnota. Pieśń „Czego…” wyraża właśnie to przekonanie, że piękno świata, dzieło Boga polega nie na urodzie poszczególnych elementów, ile na harmonii z zgodnym porządku części.
Poeta dostrzega także analogię między cyklem pór roku a losami człowieka, „Serce roście”, „Nie porzucaj nadzieje”.Życie ludzkie różni się od tej cykliczności jedynie tym, że ma swój kres, zaś koło­wrót natury trwa nieprzerwanie. W życiu ludzkim po złych okresach następują dobre. Czasami utożsamia Kochanowski naturę z prostotą, pierwotnością i jakby ze świata pierwotnej natury wywodzi się łą­cząca ludzi miłość, oparta na zgodzie, wzajemnym zrozumieniu, kon­struktywnym działaniu. Przykładem są „Elegie”, także „Pieśni”, np.: „Pieśń świętojańska o sobótce”, która jest poetyckim poglądem na naturę w życiu człowieka. Pokazuje jak można odnaleźć sens życia, utracony spokój w codziennym kontakcie z przyrodą. Najlepszym tego potwierdzeniem jest rezygnacja poety z kariery politycznej i powrót do Czarnolasu.
W twórczości Kochanowskiego, a szczególnie w pieśniach, znajduje się omówienie zagadnienia boskiej opatrzności oraz bezpośredni sto­sunek Boga do człowieka. Poeta wyraża przekonanie, że losy ludzi łączą się ze sobą według nieodgadłych praw, to też roszczenia czło­wieka by poznać „przyszłe rzeczy” wywołują tylko pobłażliwy uśmiech wszechmocnego Boga. Trzeba świadomie uznać granicę swoich możliwości i „nadzieję pokładać w Bogu”.
Pieśń IX,ks1:   „Prózno ma mieć na pieczy
                 śmiertelne wietrzne rzeczy”
Pieśń XIV,ks1:  „Przypadków dalszych żaden z nas nie zgadnie
                 I prózno myśleć o tym
                 Co z nami będzie potym
                 W godzinie Bóg wywróci wszystko.”
Pieśń IX,ks 2:  „Siła Bóg może wywrócić w godzinie,
                 A kto mu kolwiek ufa nie zginie”
    Obok zagadnienia ładu moralnego i boskiej opatrzności często poja­wia się w utworach Kochanowskiego temat bożej sprawiedliwości. Podstawowa jej zasada została tu uwikłana została najwyraźniej prze­czące jej obserwacje naszej rzeczywistości. Dręcząca zasada ludzkiej egzystencji jest jednym z podstawowych tematów twórczości Kocha­nowskiego. Oto fragment wypowiedzi Heleny z „Odprawy posłów greckich”: „Przebóg, więcej złego na tym świecie niż dobrego”, a w „Oko …” mówi poeta że często ci którzy „świat powolnym mają” dzieje się lepiej niż sprawiedliwym. W elegii „Do Firleja” Kochanow­ski zdaje się mówić, że ponieważ Bóg jest, musi więc być sprawie­dliwy, jednak widzimy często, że cierpi cnotliwy a występny opływa w dostatki. Próbę rozstrzygnięcia tego dylematu dokonuje na płasz­czyźnie religijnej. Pogląd Kochanowskiego w tej kwestii doskonale wyraża powiedzenie „Bóg nierychliwy, ale sprawiedliwy”. Poeta mówi: „Panie jako bardzo błądzą, którzy cię niedbałym sądzą”. Wie­rzy że wypełnienie się zasad boskiej sprawiedliwości, wyrównanie krzywd nastąpi w zaświatach.
Dziełem w pełni religijnym jest: „Psalm Dawidowy”. Widać w nim chęć uwielbienia stwórcy jako doskonałego w swoich dziełach. Tłu­maczy psalm z łaciny i robi to z pietyzmem człowieka wierzącego, rozkoszą artysty i sumiennością filologa. Kleiner mówi: „Kochanow­ski świetnie wczuł się w bogactwo liryki religijnej psalmów, a mo­dlitwy które stworzył na podstawie biblijnej, są jego, wyrażają potęgę i moc Boga”.
Niekiedy Bóg traktowany jest antropomorficznie, np. „z twoich rąk”. Nazywa go: „Myśl, która niebem toczy”. Bóg pojawia się jako wieczna myśl śmiejąca się z ludzkich poczynań: „Człowiek, boże igrzysko”, „Bo co tak mądrze człowiek począł sobie, żeby się Bóg nie musiał śmiać jego osobie”, stwórca pojawia się jako reżyser świata.
Kryzys wiary następuje po śmierci Urszulki. Jest to kres przeświad­czenia o porządku rzeczy, pojawia się nieznajomy wróg, który „mie­sza ludzkie rzeczy, nie mając ani dobrych, ani złych na pieczy”. Jest on odwróceniem przyjaznej człowiekowi sprawiedliwości. Kontekst trenów wyjaśnia, że nieznajomy wróg to los, fatum, który w polsz­czyźnie XVI wiecznej mógł oznaczać diabła. Ostatecznie jednak na­stępuje w trenach ukorzenie się przed Bogiem i wyrażone zostaje przekonanie, że skoro złudna okazała się nadzieja na pomoc rozumu, „jednakże Bóg sam mocen hamować”. Tren XVIII jest modlitewnym, utrzymanym w formie psalmu – apelu do Boga o litość. Kochanowski odwołuje swoje wcześniejsze bluźnierstwa, „Wielkie są przed tobą występki moje, lecz miłosierdzie twoje przewyższa wszystkie złości, użyj dziś Panie nade mną litości”. Takie ukojenie przynosi mu wiara dziecinna, którą zaszczepiła w nim matka, i dlatego jej postać pojawia się w trenie XIX poeta dochodzi do wniosku, ze „jeden jest pan smutku i nagrody”.
Kochanowski był bardzo tolerancyjny w swej religijności, uważał że przekonania religijne są sprawą osobistą. Chrystus pojawia się tylko raz we fraszkach. Bóg u Kochanowskiego to stwórca-artysta, potem filozoficzna „Wielka Myśl”, staro testamentowe „Bóg i pan”, oraz wreszcie opatrzność bliska człowiekowi. Religijność Kochanow­skiego ograniczała się przede wszystkim do kontemplacji i refleksji wokół najogólniejszych prawd wiary. Poeta podkreślałdobrotliwość stwórcy, dawał wskazówki, trzebażyćcnotliwie.